No.2です。

＞あのコピーされたエージェントはスミスを見た時「君か」「そう 私だ」などとスミスと会話してますよね
＞少なくともあのエージェントは前作に出てたエージェントで間違いないでしょうか

これもまたそうとも言えるし言えないということもあります。
スミスは２では「追うべきアノマリー」ですので、
マトリックス内のエージェントの誰もが知っているということも考えられます。
プログラムですから記憶（というかデータ）は全エージェント間で共有されているかもしれませんし。
（ある一定期間のサイクルで情報を統一しているかもしれません）

見た目が違うのはマトリックス内をうろついている時に一般人に見られても大丈夫なようになっているだけという設定ではないかと思います。

スミスは自分というものをもつことによってアノマリーになりましたが、その他の普通のエージェントはウィルス対策ソフト１、２、３・・・
といったように個人差というものは存在しないと思います。

＃１です。

＞ツインズはリローデッドではあの爆発を最後に出てこなかったので
＞あのまま炎の中で死んだのかと思ってましたが・・

プログラムそれぞれに役割があるってオラクルが言ってましたよね。
だからツインズもその役割を終えたのでは・・・。
と思ったりしてるんですけどね。
推測の域をでませんけど(^^ゞ

公開まで一週間きりましたね！！
早く見て疑問を解決したいですよね！！

・スミスについて

エージェントはもともとがプログラムですので、「死んだ」ということではなく、ネオによって「破壊された」ということですね。
２での二人の会話にあった「ソースにかえる」「命令に従わなかった」ということから、正常動作をしなくなった破壊されたプログラムは回収されるのが普通のところ、スミスはそれにさからってマトリックスに残った（つまりアノマリーとなった）ということですね。

・その他のエージェントについて

そのままの通り、この映画ではスミス以外は「その他大勢」ですので、気にするところじゃないと思います。
エージェントはマトリックス内のアノマリーなどを回収するプログラムですので、決まった人数が存在するというものではないと思います。
また、２の最初の戦闘で「アップロードされた」だか「修復版」？だかとネオが言ったと思います。
エージェントプログラムがバージョンアップされたんだと思います。
ということで、１の２人が存在する可能性もかなり少ないと思います。

・ツインズについて

私もあれはわかりません。
３もこれからですし、想像するしかないと思います。
No.1さんがおっしゃる通りに３に登場するなら死んでなかった、登場しなかったら死んじゃったのかもしれない。といった解釈しかできないと思います。
でも、彼らはネオみたいに空を飛んだりはできなかったはずなんで、かなり謎として残されてるなと思います。

その答えもあと少しでわかりますね。
夢オチだけはなしであってほしいです。

＞復活してますが、なんで生きていた（生き返った？）のか

そもそも死んではないと思います。バグプログラム(ネオと同じように)として
マトリックス内に存在してるわけです。アノマリーですね。

＞前作で生き残っていた残り二人のエージェントはどうなったんでしょうか？

エージェントは３人しかいなかったわけではなくて、
マトリックス内にはたくさんいるんだと思います。
前作では３人でしたが。
なのでリロでのエージェントが誰か？っていうのはあまり重要でない気がします。

＞ツインズはモーフィアスの刀→車銃撃の時の爆発で
死亡したということで間違いないでしょうか。？

いやまだ存在しているでしょうね。あの程度でという気もしますし、
レボでも出てくるようなことを聞いたことがあります。