「コヤニスカッテイ」（「コヤニスカッツィ」）、「意思の勝利」、「Ａ」、いずれもＤＶＤ化されていますので、ぜひ見られることをお勧めします。他の方が紹介されている「ビヨンド・ザ・マット」、「アトミック・カフェ」もエンターティメントとしても質の高い作品で、お勧めです。旧作のほかに、新作も紹介しておきます。

「フォッグ・オブ・ウォー」（"The Fog of War"、２００４年、エロール・モリス）国防長官マクナマラへのインタビュー集。ムーアが昨年受賞した７６回アカデミー長編ドキュメンタリー賞を受賞しました。音楽は「コヤニスカッティ」のフィリップ・グラスです（ムーアも華氏９１１でミニマルなＢＧＭを用いていましたね）。ドキュメンタリーでありながら、グラフィカルなイメージを多用するなど、レジオの影響（とくに最新作の「ナコイカッツィ」）が見られます。副題に「教訓」とありますが、アメリカの政治・戦争に対する方法論へのアンテーゼを突きつける映画だと思います。
http://www.sonypictures.jp/movies/fogofwar/

モリスはほかに、「死神博士の栄光と没落」というアメリカ死刑産業の有名人で、アウシュビッツのガス室否定の証拠となる報告書を出したことで知られるフレッド・ロイヒターのドキュメンタリーがあるそうです。未見ですが、興味深い作品なので紹介しておきます。
http://www.city.yamagata.yamagata.jp/yidff/catal …

注目すべき作品としてクロード・ランズマンの「ショアー」があり、強制収容所を中心に、ナチスによるホロコーストを過去の映像を一切使用せず、当事者へのインタビューだけで構成した作品があります。約９時間という長尺で、見るためにそうとうエネルギーのいる作品ですが、記録映画としては見るべき作品だと思います。先頃ＤＶＤ化されました。

http://www.herald.co.jp/official/shoah/index.shtml

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/B000244 …

ヤコペッティ「世界残酷物語」
ドキュメンタリーと当時は皆、信じてましたが、とんだ食わせ物だった！という映画です。ネタにはなりますので、見ておいて損はないと思います（内容はどうも）。
「ドキュメンタリーならあれがお勧め、世界残酷物語とか…」と言えば、知っている人にはそれなりにウケるでしょう。

ムーア、原一男並のバイタリティあふれる作品ならば…

「Ａ」、「Ａ２」（１９９８年、２００２年、森達也）とくに「Ａ」には公安警察による不当逮捕の瞬間が撮影されたシーンが含まれ、マスコミによる教団報道とは異なる、「共犯」的な取材態度で、ジャーナリズムよりもドキュメンタリーの視点を保っている。
http://www.asyura2.com/araki.htm
http://www.jdox.com/A2/comment/more/hk.htm

以下、前述３者のような作品とは異なりますが…

核開発関係
「ザ・アトミック・ボム」（"TRINITY AND BEYOND"１９９５年、ピーター・クラン）アメリカのＳＦＸ/ＶＦＸプロダクション・ＶＣＥがアメリカ・エネルギー省による映像を編集した核開発史。プロパガンダを主体にしたアトミック・カフェに対し、実験の記録映像に徹しているが、貴重な映像を鮮明に再編集している。
http://www.vce.com/atomcentral.html

「チェルノブイリ・クライシス」（"The Chernobyl Chronicle"１９８６年、ウラジミール・シェフチェンコ）事故発生直後から「石棺」完成までを追ったＴＶドキュメンタリー。フィルムが放射線で感光するほどの条件下で撮影された。

その他
「コヤニスカッティ」（"koyaanisqatsi"１９８３年、ゴッドフリー・レジオ）ダイアローグを一切使用せずに作られた作品。ＭＴＶにしばしば見られる、タイムラプス（微速度撮影）手法は、この作品でロン・フリックが完成させている。カッツィシリーズとして、３部作として昨年完結したが、作品としての完成度はこの作品が一番高い。トリロジーの２番目にあたるものに「ポワカッティ」があり、第三世界を中心としたドキュメンタリーだが、映像の質がものすごく高い。
http://www.koyaanisqatsi.com/

「怒りをうたえ」（１９６８年〜１９７０年、宮島義勇）延べ１０時間・３部作の７０年安保・沖縄闘争記録映画。土本典昭ら当時のドキュメンタリー作家、学生映画の人材を多数投入して撮影された。好む好まざるは別にして、当時のマスコミサイドの記録にない映像を見ることができる。

「金日成のパレード」（１９８９年、アンジェイ・フィディック ）ポーランドの撮影隊が制作した共和国の建国４０周年記念祭の記録映像。プロパガンダ要素が盛り込まれているにもかかわらず、見える隙間のようなものが面白い。

「意思の勝利」（"Triumph des Willens"１９３４年、レニ・リーフェンシュタール ）１９３４年のナチ党大会の記録映像。プロパガンダ映画の古典。市川昆の「東京オリンピック」の構成主義的撮影・編集はレニの影響といわれる。クレーン撮影、シンメトリーなど撮影技術だけでも注目できる。ヒトラーをはじめ、ゲッベルス、マルチン・ボルマン、ワルター・ダレなど、現在から見ると歴史上の人物であるナチ幹部たちの演説シーンも含まれる。

「砂漠は生きている」1953.監督.ジェームズ・アルガー　女亀を争っての男亀同士の闘争、同じくカミキリムシの戦い、タランテュラの求愛ダンスとそれを見守るフクロウ等、砂漠に生きる生き物を描いてユーモラスなところもあるディズニー映画。
「愛の集会」1964.監督.ピエル・パオロ・パゾリーニ　性についてイタリアの人たちにインタビューしたドキュメンタリーである。性に対するとらえ方においても、パゾリーニは、イタリアの南北問題を見ている。
「アントニー・ガウディー」1984.監督.勅使河原宏　ナレーションはなく、説明の字幕も極力抑えて、「アメリアの遺言」と武満徹の音楽で静かに建築家ガウディーの世界を見せていく記録映画である。
「１０００年刻みの日時計　牧野村物語」1987.監督.小川紳介　山形県上山市牧野村に伝わる民話をドラマとして再現しながら、稲の成長など自然の成り立ちをドキュメンタリーとして交錯させて描く。
「ハロルド・ロイド物語　命知らずの喜劇王」1989.監督.　ロイドの生涯を、関係者の証言と本人の言葉、映画の名場面集から探って行く記録映画。娘グロリア・ロイド・ロバーツは語る。「父は人生を愛した人よ。200歳まで生きても、まだまだ興味あることを見つけた人だと思うわ。彼には学び、楽しむという欲望があったの。私は、それは人間の素晴らしい特質だと思うから、そんな父でよかったわ」1971年3月8日。享年77歳。200本近くの映画を製作したロイド〔チャプリン81本、キートン141本〕。今我々はその中のほんの僅かをビデオで観ることしかできない。
「サワダ　ＳＡＷＡＤＡ」1996.監督.五十嵐匠　ピュリッツァー賞カメラマン沢田教一についての様々な証言を中心に、その生涯をたどっている。事実の持つ重みが圧倒的な力作である。
「ファザーレス　父なき時代」1998.監督.茂野良弥　村石雅也〔22歳〕という日本映画学校の生徒と、その父母、義父、兄との葛藤が描かれる。事実の持つ重みがびしびし伝わってくる凄い映画だ。
「教えられなかった戦争・沖縄編―阿波根昌鴻・伊江島のたたかい」1998.監督.高岩仁　撮影時93歳だった平和運動家、阿波根昌鴻〔あはごん・しょうこう〕さんの、不条理な暴力に対して暴力によらない運動を描く。「犠牲・負担を感じてやっているのでは、平和運動を行う資格はない。自分自身が豊かでゆとりがなければ、人を幸せにすることなどできないからである」昌鴻さんの言葉は軽やかで重い。
「ワイルド・マン・ブルース」1998.監督.バーバラ・コップル　ニューオーリンズ・ジャズ・バンドを率いてのウディ・アレンのヨーロッパ・ツアーの模様を描く。最後に出て来るのは、９０代〔？〕のアレンの父母。やはりとぼけた老人たちで、母親の方は、「ニューヨーク・ストーリー」の「エディプス・コンプレックス」に登場するウディ・アレンの母親にそっくりなのが興味深い。
「続「住民が選択した町の福祉」　問題はこれからです」1999.監督.羽田澄子　秋田県鷹巣町の老人保護施設「ケアタウンたかのす」の98年4月から99年3月の一般公開に至るまでの道のりが描かれる。
「日本の近代土木を築いた人びと」2001.監督.田部純正　明治の人たちは20代から30代で、今まで日本にはなかった技術で近代日本を形作り、以後の飛躍的な発展に寄与した。それは、大江健三郎が言っている明治の日本人の使命感と言ってもよいもので、彼らの涙ぐましい努力によって、我々の豊かで安全な生活が成り立っていると言ってもいいほどだ。今の日本の利己的で荒廃した精神状況や物質にのみ頼った向上心のなさを考えると、この映画の投げかける意味の大きさに更に気づかされる。
「戦場のフォトグラファー　ジェームズ・ナクトウェイの世界」2001.監督.クリスチャン・フレイ　ナクトウェイの生き方は、凄いとか勇気がある・立派だということを超えて、神々しさを感じさせる。２５年間の戦場での体験が、彼を孤高の人にしたという証言もあるが、孤独な印象はあっても、温かみや親しみを感じる風情を漂わせている。
「チョムスキー　9.11」2002.監督.ジャン・ユンカーマン　74歳になるアメリカの言語学者ノーム・チョムスキーの講演とインタビューをもとに構成されているドキュメンタリー。鋭く問題点を指摘しながらも、常に穏やかさを失わず、激越な調子にはならない。温かく豊かな人間性が顔や表情、たたずまいに溢れているチョムスキーの素晴らしい人間ドキュメント。
「曖昧な未来、黒沢清」2002.監督.藤井謙二郎　現在の日本映画で最も重要な監督・黒沢清の考え方を知る上で、とても貴重なフィルムだ。撮影中は民主的だが、編集作業に入ると独裁者だというプロデューサーの言葉は興味深い。

『ビヨンド・ザ・マット』
　プロレス（ＷＷＦ）モノです。私は別に格闘技好きじゃないけど、これは面白かった。強面のプロレスラーの娘さんが意外な美人だったりね。

○「東京裁判」（1983年、監督：小林正樹）
　太平洋戦争の極東軍事裁判を描いたもので、学生時代映画館で観ました。たしか4時間ぐらいの白黒フィルムだったと思います。絞首刑を宣告されるＡ級戦犯の顔が印象的でした（特に東条英樹・・・）。

○「デブラ・ウィンガーを探して」（2002年、監督：ロザンナ・アークエット）
　テーマは働く女（女優）の価値観を描いたもので、多くの有名女優が出てくる割に退屈・・・。ただ、個人的にデブラ・ウィンガーのファンだったので彼女のインタビュー・シーンだけが何故か印象的でした。悲しげでいて凛としている・・・そんな勝手な印象を持ちました。
　

アトミック・カフェ

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/B00069L …

マイケル・ムーアはこの作品を見てドキュメンタリーの作り方をケヴィン・ラファティに聞いたそうです。
ちなみにケヴィン・ラファティはブッシュ大統領のいとこです。