1970年、ニクソン政情下のアメリカは、中東諸国との関係を悪化させ、険悪な政治情勢が続いていた。そんな折、イスタンブール空港から、たまたま2キロのハシシ(麻薬)をアメリカへ運び出そうとしていたアメリカ青年ビリー・ヘイズ(ブラッド・デイビス)はハシシ密輸の罪で官憲に逮捕された。彼とトルコ当局の間に介入してきたのは、合衆国領事館の人間だと名のるテックス(ボー・ホプキンス)という男で、彼はビリーに売人逮捕への協力を要請した。やがてビリーは、セイガミルカー刑務所に移され、途方もない恐怖と孤独感に襲われる。単なるハシシ密輸の罪なのに、さも重罪人のように扱われるビリー。傷ついたビリーを看護してくれたのは、2人のアメリカ人、ジミー(ランディ・クェイド)とエリック(ノーバート・ワイザー)だった。そしてジミーはビリーに言った。「この刑務所に入れられたら、半病人になるか、深夜特急に乗るかのどちらかだ」と。深夜特急とは『脱獄』のことである。間もなくビリーの父親(マイク・ケリン)が駆けつけ、弁護士と合衆国領事館の手を借りて当局と戦うことになる。緊迫した国際情勢の中で、検察側の追及はきびしく、裁判でビリーは4年の刑を言い渡される。3年余の月日が流れ、刑期が終るのを心待ちに、ひたすら模範囚としてつとめあげてきたビリーは、意外なニュースを知らされる。裁判がやり直されるというのだ。裁判の結果、ビリーは刑期30年という途方もない判決を言い渡される。ビリーは、国際政治のかけひきという、目に見えぬ糸であやつられた最初のいけにえなのだった。互いに友情以上の愛を抱き合っていたエリックが保釈で出て行ったあと、ついにビリーは脱獄を決意する。彼はジミーと仲間のマックス(ジョン・ハート)とともに、誰も知らぬ地下壕への入口を発見するが、密告屋イエジル(フランコ・ディオジェーネ)の告げ口で、看守長ハミドゥ(ポール・スミス)の知るところとなり、ジミーが1人で脱獄の責めを負う。さらにマックスまで、イエジルの陰謀で廃人同様にされてしまい、怒ったビリーは、イエジルの口に自分の口をねじこみ彼の舌を食いちぎる。精神病棟に放りこまれたビリーは、ある日、恋人スーザン(アイリーン・ミラクル)の訪問を受け、彼女を裸にし、オナニーに熱中する。スーザンは、その姿を見て、涙を流し、言い聞かせる。「ここから出るのよ!」--その言葉通り1975年のある日、ついにビリーは『深夜特急』に乗った。