警視庁本部内で人質籠城事件が発生。人質は、各部の部長ら幹部12名。現場の会議室は機動隊と特殊捜査班SITに完全包囲されるが、犯人の動機は不明。要求もないまま、時間だけが過ぎていく。いち早く事件に気づいたのは、偶然に犯人と遭遇した神戸尊とその連絡を受けた杉下右京。右京は会議室内の様子を把握するため奇策に出る。実質的トップに立った中園参事官が捜査本部の指揮をとるが、一向に進展しない事態に、捜査一課のメンバーは苛立つばかり。そこに右京が持ってきた情報により、籠城犯が元警視庁刑事の八重樫哲也だと判明。にも関わらず2人は捜査の外に追いやられるが、籠城前に尊が八重樫から助け出した女性が総務部装備課の朝比奈圭子だとつきとめた。そんな時、会議室内から2発の銃声が響き、中園らの指示でSITと機動隊員たちが強行突入！事態は終息し、人質12名は無事に保護されるが、籠城してまで八重樫が求めたものが何だったのか、12名は事情聴取に対し何も証言しない。疑問を持った右京と尊は、独自に幹部たちへの聞き込みを始める。一方、事件の報告を受けた警察庁幹部の小野田官房室長は、金子警察庁長官と共に、不穏な動きを見せ始めていた。
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