前作の悲劇から４年。ある日、インジェン社の会長ハモンドに呼び出されたイアンは、ある秘密を明かされた。実は「サイトＡ」である「ジュラシック・パーク」に恐竜たちを供給する遺伝子工場の「サイトＢ」がイスナ・ソルナ島に置かれていたというのだ。閉鎖され、放置された島では人知れず恐竜たちが生き延びて繁殖しているという。ハモンドはマルカムに島の調査を依頼され、ビデオ・ドキュメンタリー作家のニック、フィールド用装備の専門家エディと共に現地に向かったが、イアンの娘ケリーもトレーラーに潜り込んでいた。島には既にイアンの恋人で古生物学者のサラが入っており、合流した５人は恐竜たちが闊歩する世界に夢中になる。だが、突如ヘリコプターの大部隊が島に飛来し、次々と車や機材を降ろし始めた…。
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